الجنرالان احتياط عامي ايالون وعميرام لفين، اثنان من قادة الكوماندو البارزين في تاريخ الجيش الاسرائيلي، ينتقدان بشدة عملية وقف الاسطول الى غزة. ويسمي ايالون العملية بانها "فشل مطلق" ويقول ان التحقيق بالعملية في الجيش (ضمن امور اخرى من قبل اللجنة برئاسة غيورا ايلند، الذي شكلها رئيس الاركان)، "لن تؤدي الا الى أن نعرف كيف نفعل على نحو أفضل الامر غير الصحيح". اما لفين فيقول ان الفشل ينبع من مشاكل اساس في تعريف المهمة وسياقات التخطيط والاقرار، بل ويدعي بان على ايلند ان يرجع التكليف الذي قدمه له رئيس الاركان. لفين وايالون ذوا تجربة كبيرة على نحو خاص في العمليات من هذا النوع، بالبزات وبدونها. ايالون قاد الوحدة البحرية 13 وسلاح البحرية وكان على رأس جهاز الامن العام "الشاباك" – المخابرات. اما لفين فكان قائد الوحدة الخاصة "سييرت متكال"، قائد المنطقة الشمالية ونائب رئيس الموساد. كل واحد منهما مقتنع بانه كان ممكنا وقف الاسطول بطرق أكثر ذكاءا. اذا كان تقرر وقفه بالقوة، يقول لفين، فان "تعريف المهمة كان ينبغي أن يكون فتح النار فشل". وهو يعزو الفشل في التخطيط والتنفيذ لسوء فهم الطبيعة الحقيقية للحدث، وانعدام حرية التفكير في الجيش، والتي وجدت تعبيرها أيضا في حرب لبنان الثانية وفي حملة "رصاص مصبوب". وقال انه "توجد هنا مشاكل أساس، أكبر بكثير من فشل هذه العملية، ولا يوجد أي احتمال ان تصلح طرق التحقيق الحالية ذلك". أيالون، الذي كان ايضا وزيرا وعضو مجلس وزاري في حكومة اولمرت، يقول انه "لم يكن هناك أي بحث جدي ورسمي في سياسة الاغلاق على غزة". العملية هي في نظره "فشل من الشكل الذي بحثت فيه الخيارات وحتى التنفيذ نفسه. هذه مشكلة دائمة لدينا: رغم التغيير في مهمات الجيش، فنحن لا نبني أي جواب تكنولوجي او عملياتي لمثل هذه المشاكل. خيار العنف هو الخيار الوحيد لدينا، حتى عندما يضر بمصالحنا". في هذه الظروف، يقرر، "التحقيق العسكري عديم المعنى".
