ضمن رؤيتها الصحية والتنموية الموجهة لكافة شرائح وفئات الشعب الفلسطيني وبالاستناد للفلسفة التي تتبناها منذ إنطلاقتها في أواسط ثمانينيات القرن الماضي بضرورة التواجد مع المواطنين في مناطق سكناهم بهدف خدمتهم وتعزيز صمودهم وتمكينهم على الصعد كافة أطلقت مؤسسة لجان العمل الصحي برنامج صحة المرأة في العام 1990على نحو مبكر لقناعتها بأن المرأة الفلسطينية عنوان للوجود الفلسطيني وحاضنة وضامنه لبقائه ونموه وتطوره حضارياً وإجتماعياً وثقافياً، ويستهدف البرنامج النساء خلال مراحل حياتهن المختلفة من مرحلة المراهقة والنساء في مرحلة الإنجاب وما بعد الإنجاب والنساء في مرحلة إنقطاع الطمث أو ما يسمى بمرحلة سن الأمان.
وتطبق نشاطات البرنامج في كافة مراكز المؤسسة في شمال ووسط وجنوب الضفة الغربية، حيث يعمل البرنامج وينفذ نشاطاته في منطقة الشمال من خلال مراكز قلقيلية وطوباس والبلدة القديمة من نابلس والباذان وسالم وعورتا. وفي منطقة الوسط عبر مركز المزرعة الشرقية، وفي مطقة الجنوب ينشط البرنامج في البلدة القديمة من الخليل وحلحول وسعير وكذلك في مركز بيت ساحور.
ويقدم برنامج صحة المرأة الخدمات والتي تتضمن الخدمات خلال الحمل وتنظيم الأسرة وخدمات ما بعد الولادة والتثقيف الصحي في المدارس والجامعات والمجتمعات المحلية، وكذلك خدمات التقصي عن النساء اللاتي يعانين من سرطان الثدي وسرطان عنق الرحم من خلال عمل الفحوصات المبكرة. ومن النشاطات الرئيسية للبرنامج تنفيذ الزيارات المنزلية وخاصةً للنساء بعد الولادة.
وعلى مدار عمل البرنامج ومن خلال تحليل التقارير الربعية والنصف سنوية وكذلك السنوية، وأيضاً من خلال المراقبة والمتابعة لعمل البرنامج ومن خلال التقييمات التي يتم عقدها فقد توسيع العمل ليشمل خدمات أخرى أكثر شمولية، حيث أضيفت خدمات التدخل مع النساء اللواتي يتعرضن للعنف، بالإضافة لتقديم الخدمة الصحية والنفسية والاجتماعية والقانونية للنساء المعرضات للعنف، وفي بعض الحالات يتم تحويلهن للمؤسسات المختصة، ويتم الاستناد في ذلك لنظام التحويل الوطني في التدخل مع النساء المعنفات بهدف إخراجهن من الضائقة التي يعشن فصولها وتمكينهن.
كما تم إدخال خدمة العناية ما قبل الحمل، حيث تم تدريب الطبيبات والممرضات والمثقفات الصحية على المعايير والأسس لتقديم ذلك بشكل نوعي وتم تحضير الأدلة والمواد التثقيفية بموضوع العناية ما قبل الحمل، ليتم تقديم الخدمة على أكمل وجه.
ولقناعة المؤسسة بأهمية تقديم الخدمات المتكاملة ضمن هذا البرنامج فقد أضيفت خدمة للإرشاد الزواجي، من أجل التوعية ورفع وعي المقبلين على الزواج والمتزوجين بالإرشاد الزواجي، وكي يتم تزويدهم بمعارف ومهارات لها علاقة بمفهوم العلاقة الزوجية وأسسها، وطرق التفاوض والاتصال والتواصل وحل المشكلات وأخذ القرارات، ومهارات أخرى لها علاقة ببناء أسرة سليمة وسعيدة.
وعدا عما تقدم هناك خدمة التثقيف ورفع الوعي وتقديم الخدمة بمواضيع ذات علاقة بالجنسانية، لحث النساء والرجال على طلب الخدمة والمشورة في القضايا التي تتعلق بالجوانب الجنسانية لديهم.
ويركز البرنامج على إستهداف النساء ذوات الإعاقة، كون هذه الفئة محدودة العدد من حيث التردد على طلب الخدمة، وفي هذا السياق تم تدريب الطاقم العامل ضمن هذا البرنامج على القضايا التي تتعلق بالأشخاص ذوي الإعاقة، عبر عقد تدريبات متعددة حول الاتفاقيات والمواثيق الدولية ذات الصلة بالأشخاص ذوي وذوات الإعاقة، إلى جانب التعريف بالقانون الخاص بذوي الإعاقة في فلسطين والحقوق الإنجابية والجنسية للأشخاص ذوي الإعاقة وواقع الإعاقة في فلسطين والتحديات التي يواجهها هؤلاء بشكل عام وتحديداً فيما يخص تمتعهم بالحقوق الإنجابية والجنسية. ونفذت تدريبات أخرى لتزويد الطاقم بمهارات تتعلق بتقديم الخدمة للنساء اللواتي يعانين من إعاقات معينة لمراعاة الخصوصية التي تتمتع بها هذه الفئة من النساء.
ومن منطلق المنظور الشمولي ضمن عمل البرنامج، فقد تم إدخال الصحة النفسية ضمن الخدمات المقدمة، حيث يتم تقييم النساء من ناحية الصحة النفسية وتبعاً لنتائج التقييم يتم التدخل وتقديم الدعم والإرشاد ويمكن التحويل للمؤسسات المختصة. وكافة البرامج والفئات المستهدفة والتدخلات الجديدة، يتم إتخاذها مبنية على الحاجة الحقيقية للنساء في مراكز عمل المؤسسة، ويتم التعرف على إحتياجاتهن من خلال عقد مجموعات النقاش معهن ومن خلال المشاركة في التقييمات التي تنفذ وعبر إستخدام صناديق الاقتراحات المتواجدة في المراكز المختلفة