حصلت جامعة الأقصى على اعتماد من الهيئة الوطنية للاعتماد والجودة بوزارة التربية والتعليم العالي لبرنامج الماجستير
والبكالوريوس في التخصصات التالية: " ماجستير الإدارة التربوية، ماجستير الكيمياء" وفي برنامج البكالوريوس تخصص
"التدريب الرياضي" وذلك ابتداءً من العام الدراسي 2017/2018م
من جانبه أكد رئيس جامعة الأقصى الدكتور كمال الشرافي حرص الجامعة للارتقاء بالتعليم النوعي من خلال اختيار التخصصات النوعية ، مشدداً بضرورة التركيز على الدراسات العليا والعمل على تعزيز التطوير المؤسسي للجامعة، وتطوير البرامج الأكاديمية
الحالية لمرحلة الماجستير والبكالوريوس وتطويرها وفق معايير الجودة ومتطلباتها، بما يلبي حاجات المجتمع الفلسطيني
وتمنى د . الشرافي أن تبقى جامعة الأقصى بغزة منارة للعلم والمعرفة، ورمزاً للحضارة والثقافة في المجتمع الفلسطيني
ومن جانبه أوضح نائب رئيس الجامعة للشؤون الأكاديمية الأستاذ الدكتور أيمن صبح ، أن اعتماد برامج الماجستير والبكالوريوس يعد مكسباً لطلبة الجامعة وللمجتمع الفلسطيني، معرباً عن تمنياته في الحصول على اعتمادات جديدة للعديد من البرامج النوعية على مستوى الدراسات العليا